化学实验室位于北京师大二附中科学楼一层，共有实验室5间，实验准备室1间。其中包括基础的分组实验室4间，项目研究型实验室1间。每个实验室都配备全套的多媒体投影设备和示教系统。项目研究型实验室配备有齐全的仪器设备，如：RE-52A旋转蒸发仪，Spectrum紫外可见分光光度计，循环水式多用真空泵，DZF真空干燥箱，BK-TG16W台式高速离心机，STARTER2100实验室PH计，Eppendorf手动移液器，llongwill全套传感器，AIM-3室内空气质量检测仪，JJ-1精密定时电动搅拌器，电子分析天平，复合式洗眼器等。可以满足各种关于实验课题研究及创新实验设计的要求。

      = 学生实验及成果

       在4间基础分组实验室中不仅可以开展高中教材中全部的分组实验，满足全体学生的学习需求，还可以完成老师们自己开发的很多创新实验，还可开设各种特色实验选修课程如社团活动，初高中衔接实验等。活动内容有如：各种晶体的制备实验，印刷电路板的制作及废液处理，白醋中乙酸含量的测定，固体酒精的制备等实验。
       项目研究实验室可以完成各种高层次的研究及探索的实验课题，例如：补血口服液中二价铁的含量测定实验，保水材料的合成实验，金属的防护，半透膜的制备等实验课题。学生们在这里发挥自己的特长，通过各种实验探究撰写了数篇实验论文；在今年的CTB，China Thinks Big全球华人研究大挑战赛中获奖取得佳绩。